Убрать или убрать объект S4 BFBayesFactor - PullRequest
Новая
       101

Убрать или убрать объект S4 BFBayesFactor

1 голос
/ 17 февраля 2020

Я хочу запустить несколько вложенных t.test и ttestBF (используя tidyr::nest()), но мне не удается ни привести в порядок, ни удалить объект S4: BFBayesFactor, который выходит из функции ttestBF.

Пример данных: 

set.seed(354654)
d = tibble(value = rnorm(100),
           category = sample(1:5, replace = TRUE, 100),
           group = sample(c('A', 'B'), replace = TRUE, 100)) %>% 
  arrange(category)

Я запускаю этот фрагмент кода для t.test, и он прекрасно работает: 

library('tidyverse')
library('broom')

d %>% 
  group_by(category, group) %>% 
  nest() %>% 
  spread(key = group, value = data) %>% 
  mutate(
    t_test = map2(A, B, ~{t.test(.x$value, .y$value) %>% tidy()}),
    A = map(A, nrow),
    B = map(B, nrow)
  ) %>% 
  unnest()

Однако, если я попробую это : 

d %>% 
  group_by(category, group) %>% 
  nest() %>% 
  spread(key = group, value = data) %>% 
  mutate(
    t_test_bf = map2(A, B, ~{ttestBF(.x$value, .y$value, nullInterval = c(0, Inf)) %>% tidy() }),
    A = map(A, nrow),
    B = map(B, nrow)
  ) %>% 
  unnest()

Я получаю: Error: No tidy method for objects of class BFBayesFactor. Если я удаляю вызов tidy(), то: 

t_test_bf = map2(A, B, ~{ttestBF(.x$value, .y$value, nullInterval = c(0, Inf)) })

я все равно получаю следующую ошибку:

Error: All nested columns must have the same number of elements.

Любая идея о том, как снять вывод ttestBF?

1 Ответ

1 голос
/ 17 февраля 2020

Вы можете извлечь кадр данных из каждого слота bayesFactor S4 каждого объекта, используя обозначение @ для объектов S4: 

d %>% 
  group_by(category, group) %>% 
  nest() %>% 
  spread(key = group, value = data) %>% 
  mutate(
    t_test_bf = map2(A, B, ~{ttestBF(.x$value, .y$value, 
                                     nullInterval = c(0, Inf))@bayesFactor}[,-3]),
    A = map(A, nrow),
    B = map(B, nrow)
  ) %>% 
  unnest()
#> # A tibble: 10 x 6
#> # Groups:   category [5]
#>    category     A     B     bf        error code        
#>       <int> <int> <int>  <dbl>        <dbl> <fct>       
#>  1        1    10    10 -1.04  0.0000592    159448f630f7
#>  2        1    10    10 -0.797 0.0000000429 1594124c5471
#>  3        2     7     6 -0.519 0.000000105  15946a5667c9
#>  4        2     7     6 -1.01  0.000141     15946b70910 
#>  5        3     8     9 -1.32  0.00000260   15944c833396
#>  6        3     8     9 -0.214 0.000000168  159433103012
#>  7        4    15    11 -0.709 0.0000450    15942a13701 
#>  8        4    15    11 -1.26  0.000123     15947c9d5ed8
#>  9        5    11    13 -1.11  0.000122     15945bcc7d07
#> 10        5    11    13 -0.850 0.00000969   1594311d17e2
...