Я полагаю, что браузер не заметит никакой разницы, вы можете поместить скрипт в нужное вам место (первый просто устанавливает некоторые глобальные переменные; второй начнет что-то делать только после того, как браузер завершит его загрузку; это должно быть значение асин c).
Так что ... просто будьте осторожны, чтобы размещать их вне тегов php (вне php открывающих и закрывающих тегов), чтобы php не анализировал эту часть: он просто поместит теги вашего скрипта в html, «как есть», в позиции, в которой вы ожидаете этого.
Обратите внимание, что код js будет запускаться в любом случае внутри браузера (окна), а не в header / middle / нижний колонтитул html