Самый простой способ - установить частный префикс:
configure --prefix=/some/private/prefix ...
В частном префиксе есть 0 шансов перезаписать существующий файл. Затем вам нужно будет добавить префикс к вашему пути.
Второй вариант - присвоить новым двоичным файлам суффикс и использовать библиотеки времени выполнения для конкретной версии:
configure --program-suffix=-4.5.0 --enable-version-specific-runtime-libs
хотя я не могу обещать, что другой файл не будет изменен.