При выполнении сква sh слияния Git принимает все изменения от начального коммита до конечного коммита и производит один коммит, который эквивалентен. Таким образом, если в рамках принятых вами коммитов вы добавили и удалили файл, то результатом net будет отсутствие файла, и Git не будет ничего записывать об этом файле в результирующем коммите.
Объекты, на которые ссылаются эти коммиты, могут все еще существовать в вашем хранилище в течение некоторого времени, даже если они не находятся в истории вашей ветви, так как на них может ссылаться reflog (который хранит историю ваших веток), но в конечном итоге они будут удалены, если на них не ссылается ни одна ветка, тэг или другая ссылка.