В настоящее время я пишу файл .Rmd, который я намерен выполнить с терминала bash, который выведет в каталог данных и выведет отчет HTML о графиках для указанных данных.
Пока я нахожусь в каталоге скрипта, я использую:
Rscript -e "rmarkdown::render('./script.Rmd',params=list(args = '~/Documents/data/' "name"))"
Внутри файла я пытаюсь ввести каталог с:
```{r, read_arg, include=FALSE}
args <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
data <- args[1]
name <- args[2]
```
Но когда он пытается связать и вывести HTML, он выдает ошибку при первой попытке read.csv, говоря, что не может найти никаких файлов. Это говорит мне, что он не может найти каталог, так как я пытался запустить его с тем же каталогом, закодированным прямо в файл, и все это прекрасно работает.
Кто-нибудь знает подходящий синтаксис для ввода каталога как Аргумент? Любая помощь будет принята с благодарностью.