Чтобы получить многомерные срезы, вы должны вставить срезы в кортеж, вызовите элемент get для этого кортежа. Что-то вроде:
PyObject pyArray = PyArray_FromAny(arr, PyArray_DescrFromType(NPY_FLOAT), 0, 0, NPY_ARRAY_DEFAULT, null);
PyObject slice_1 = PySlice_New(PyLong_FromLong(0), PyLong_FromLong(2), null);
PyObject slice_2 = PySlice_New(PyLong_FromLong(0), PyLong_FromLong(3), null);
PyObject slices = PyTuple_Pack(2, slice_1, slice_2);
PyObject result = PyObject_GetItem(pyArray, slices);
Основанием для этого является __getitem__(self, arg)
(есть единственный аргумент), поэтому несколько индексов неявно преобразуются в кортеж: arg = (slice(0,2), slice(0,3),)