Ваш URI выглядит правильно. Есть несколько вещей, которые вы можете попробовать.
Поскольку вы используете Flask, вы можете попробовать использовать flask -mysqldb.
Если вы хотите использовать ORM, попробуйте flask - sqlalchemy.
Вместо этого вы можете просто попытаться создать виртуальную среду для установки модулей. Локализация модулей для приложений помогает, поскольку нет конфликтов между модулями приложения и модулями вашей системы (Ubuntu).