Как проверить корреляцию между двумя переменными с повторными измерениями?

Question

Я хочу проверить корреляцию между двумя переменными (признаками растений), но у меня тоже есть репликации. Перед моим вопросом я покажу вам пример:

  sample      plant trait.1 trait.2
sample 1  species 1       4      12
sample 2  species 1       4      12
sample 3  species 1       4      12
sample 4  species 2       5      14
sample 5  species 2       5      14
sample 6  species 2       5      14
sample 7  species 3       6      13
sample 8  species 3       6      13
sample 9  species 3       6      13

Должен ли я проверить корреляцию между конкретными значениями (4, 5, 6 и 12, 14, 13) или между целыми переменными (4, 4 , 4, 5, 5, 5, 6, 6, 6 и 12, 12, 12, 14, 14, 14, 13, 13, 13)?
Можно ли использовать cor.test в R?

Спасибо за помощь!

Answer 1

Все зависит от вас H0. Если вы думаете, что есть корреляция между «чертой 1» и «чертой 2», независимо от «вида», тогда корреляция в порядке. Вы должны проверить некоторые предположения, хотя в зависимости от данных следует ли использовать «Pearson's r» или «Spearman's Rho».

Если вы считаете, что могут быть различия в «trait.1» и «trait». 2 "на основе" видов ", то ANOVA - это то, что вы ищете, чтобы увидеть, есть ли средняя разница между различными видами.

Если вы считаете, что между «trait.1» и «trait.2» есть логическая причина и следствие, вы можете использовать регрессию. Допустим, «trait.1» является функцией «trait.2», и вы хотите контролировать «разновидности». Тогда y = "trait.1", x1 = "trait.2" и x2 = "разновидности".

Так что все зависит от вашего H0 и вашего вопроса.