хотите изменить настройки проекта программно, существует множество таких настроек, как это
EnvDTE80.DTE2 dte2 = (EnvDTE80.DTE2)System.Runtime.InteropServices.Marshal.GetActiveObject("VisualStudio.DTE.12.0");
Project project = dte2.Solution.Projects.Item(1);
Configuration configuration = project.ConfigurationManager.ActiveConfiguration;
configuration.Properties.Item("StartAction").Value = VSLangProj.prjStartAction.prjStartActionProgram;
configuration.Properties.Item("StartProgram").Value = "your exe file";
configuration.Properties.Item("StartArguments").Value = "command line arguments";
но я не могу найти никакой опции для переключения между отладкой и выпуском: