Ошибка: не удается выделить достаточно памяти для (разделенного) GRM - GCTA 64 / python - PullRequest
0 голосов
/ 04 апреля 2020

Я обрабатываю некоторые генетические c данные, используя gcta64 через python через os.system () (на экране). Однако у меня проблемы с памятью. Моя машина - это экземпляр виртуальной машины из облака Google с 1 ТБ памяти.

Первая картинка - это скриншот моего htop, а вторая - скриншот кода / ошибки. Вы можете ясно видеть, что у меня достаточно памяти. Также я выполняю другую задачу, но я не думаю, что это проблема. Я остановил его и запустил задачу gcta, но получил ту же ошибку. Спасибо,

Очень ценится


screenshot of my htop


screenshot of the code/error

1 Ответ

0 голосов
/ 06 апреля 2020

Вы можете разделить данные, используя --make-grm-part n i, где n - число сгибов, а i - i-й сгиб. так например: вы хотите разделить на 3

--make-grm-part 3 1 ...
--make-grm-part 3 2 ...
--make-grm-part 3 3 ...

, и вы можете объединить результаты. для получения дополнительной информации см. обсуждение --make-grm-part в https://cnsgenomics.com/software/gcta/#MakingaGRM.

Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...