Вы находитесь в нескольких кавычках от неправильности в каждой команде. Вы должны утроить некоторые кавычки и переместить некоторые другие. Для первой команды попробуйте следующее:
Command = "findstr """ & Text1 & """ *achineCont*.log | findstr ""Q_OUTFEED_EJECTBAG_SIG"">FOUNDBAG.txt"
Для второй команды попробуйте следующее:
Command2 = """Done"" *ai*.log | findstr ""writing"" | findstr """ & Text1 & """>>FOUNDBAG.txt"
И, наконец, для четвертой команды попробуйте следующее:
Command4 = "findstr ""Done"" *ai*.log | findstr ""writing"" | findstr """ & Text1 & """>>FOUNDBAG.txt"
Хороший способ выяснить это - отобразить строку с помощью Debug.Print или MsgBox и корректировать кавычки, пока строка не будет правильной. Также помните, что в строке есть открывающая и закрывающая кавычки. Любые другие кавычки в строке должны быть экранированы путем удвоения кавычки.