Вместо одной команды оболочки в строке, используйте как можно больше чистых Python.
import os
import subprocess
from pathlib import Path
os.chdir(Path.home() / "ansible/roles/myrole")
out = subprocess.run(["./molecule", "lint"])
или просто
out = subprocess.run(["./molecule", "lint"], cwd=Path.home() / "ansible/roles/myrole")