Фильтр не может работать в том числе. Вам нужно скачать Z.EntityFramework.Plus.EFCore из nuget. И используйте код ниже
var list = this.DataContext
.GetDbSet<Table1>()
.IncludeFilter(t => t.Table2.Where(i=>i.Active == true))
.ThenInclude(x => x.Table3)
.ToListAsync();
Альтернативный
var list = this.DataContext
.GetDbSet<Table1>()
.Include(t => t.Table2)
.ThenInclude(x => x.Table3)
.ToListAsync();
list.Table2 = list.Table2.Where(x => x.Active == true);