Нет способа отключить это поведение. Последние открытые файлы и состояние деревьев хранятся в двоичном формате в системном каталоге IntelliJ IDEA (кэши).
IDE не будет пытаться повторно открыть последние файлы и восстановить состояние деревьев для проекта, только если файл .idea/workspace.xml отсутствует в проекте.