Как bootstrap с lapply? bootstrap ошибка с загрузкой () в R - PullRequest
1 голос
/ 13 марта 2020

Я получаю ошибку "Error in statistic(data, original, ...) : unused argument (original)" при попытке выполнить код ниже. В частности, я пытаюсь применить функцию и bootstrap эти результаты для каждого графика #. Я что-то здесь упускаю?

    library(codyn) # has sample dataset called pplots
    library(boot)

    str(pplots)

    stability <- function(x){
  mean(multivariate_change(x,
                           species.var = "species",
                           time.var = "year",
                           abundance.var = "relative_cover",
                           replicate.var = "plot")$composition_change)
}

boot_obj <- lapply(splitspplots,boot,statistic = stability,R = 20)
boot_obj <- lapply(splitspplots,myBootFun)

myBootFun <- function(x,i) {
  lapply(x[i],boot, statistic=stability, R = 10)
}
myBootFun <- function(x,i) {
  boot(x[i], statistic=stability, R = 10)
}
splitspplots <- split(pplots,pplots$plot)
lapply(splitspplots, print(myBootFun))

1 Ответ

0 голосов
/ 13 марта 2020

Я придумал другой способ сделать это, который также работает.

Я использовал значения от l oop до l oop в разных группах / сайтах, но здесь я этого не показываю. Вот код bootstrap.

data_sampled <- data_grouped %>%
    group_by(SITE_ID) %>%
    crossing(id = seq(100)) %>% # create replicate dataframes
    sample_n(size = n(), replace = T) # sample dataframes
...