РЕДАКТИРОВАТЬ
После просмотра вашего комментария, я предполагаю, что вы хотите знать, как сделать cp для разных папок. Есть много способов для этого. Я перечислю один пример.
cd в вашу исходную директорию, и оттуда вы можете указать путь к папке назначения. Если вы не уверены, вы всегда можете указать абсолютный путь к папке назначения.
$ cd PATH/TO/SOURCE/FOLDER
$ cp FILENAME PATH/TO/DESTINATION/FOLDER
ORIGINAL
cp -> сделает копию файла / папки к пути назначения, сохраняя исходный файл.
$ cp SOURCE DEST
mv -> переместит файл / папку по пути назначения, удалив исходный файл.
$ mv SOURCE DEST
Копирование файла в папка назначения создаст неотслеживаемый файл. Чтобы создать sh новый файл, вам нужно подготовить файл (git add) и зафиксировать его (git commit).
$ git add FILE_NAME
$ git commit -m "Commit message"
$ git push origin master