Эта опция, на мой взгляд, сбивает с толку.
На самом деле ни один из вариантов не дает преимущества sql серверу, так как он служит только для активации редактирования процентов в соответствии с результатами сценариев.
Если Вы выполняете сценарий как с отмеченной, так и не отмеченной опцией:
Проверено: DB CC SHRINKFILE (N'DatabaseName ', 160)
Не проверено: DB CC SHRINKFILE (N'DatabaseName ', 160, TRUNCATEONLY)
Опция команды truncate only не должна фрагментировать ваши индексы, где без нее, указав процент, будет.