Я не могу опубликовать sh мой shinyapp, любой совет, чтобы решить эту ошибку - PullRequest
1 голос
/ 04 апреля 2020

Я пытаюсь разработать Shinyapp для моделирования болезни COVID-19, но не могу найти ошибку, когда пытаюсь опубликовать ее sh. В R код работает нормально, и все отображается правильно, но когда я пытаюсь опубликовать sh, в той части, где должен быть график, отображается ошибка: «Произошла ошибка. Проверьте свои журналы или свяжитесь с приложением автору для уточнения. " Я пытаюсь использовать пакет Пророка. Я новичок в этом пакете, и это мое первое приложение, поэтому я буду признателен за вашу помощь ...

Журналы:

2020-04-04T06:19:59.741057+00:00 shinyapps[2055422]: Disabling daily seasonality. Run prophet with daily.seasonality=TRUE to override this.
2020-04-04T06:19:59.794156+00:00 shinyapps[2055422]: Compiling model (this will take a few minutes...)
2020-04-04T06:19:59.794607+00:00 shinyapps[2055422]: If this is the first time fitting a model since package install, this is normal. You should not see this message more than once after install.
2020-04-04T06:19:59.795419+00:00 shinyapps[2055422]: Writing model to: /opt/R/3.6.3/lib/R/library/prophet/libs
2020-04-04T06:19:59.795868+00:00 shinyapps[2055422]: Compiling using binary: /opt/R/3.6.3/lib/R/bin
2020-04-04T06:20:26.545815+00:00 shinyapps[2055422]: Warning in system(cmd, intern = !verbose) :
2020-04-04T06:20:26.545817+00:00 shinyapps[2055422]:   comando ejecutado '/opt/R/3.6.3/lib/R/bin/R CMD SHLIB file10a8c62e87.cpp 2> file10a8c62e87.cpp.err.txt' tiene estatus 1
2020-04-04T06:20:26.602133+00:00 shinyapps[2055422]: Warning: Error in sink: conexión inválida
2020-04-04T06:20:26.610392+00:00 shinyapps[2055422]:   185: sink
2020-04-04T06:20:26.610394+00:00 shinyapps[2055422]:   184: cxxfunctionplus
2020-04-04T06:20:26.610395+00:00 shinyapps[2055422]:   182: compile_stan_model
2020-04-04T06:20:26.610394+00:00 shinyapps[2055422]:   183: rstan::stan_model
2020-04-04T06:20:26.610395+00:00 shinyapps[2055422]:   181: fit.prophet
2020-04-04T06:20:26.610396+00:00 shinyapps[2055422]:   179: renderPlot [/srv/connect/apps/COVID19-Mexico/app.R#131]
2020-04-04T06:20:26.610396+00:00 shinyapps[2055422]:   177: fund
2020-04-04T06:20:26.610419+00:00 shinyapps[2055422]:   137: drawPlot
2020-04-04T06:20:26.610420+00:00 shinyapps[2055422]:   123: <reactive:plotObj>
2020-04-04T06:20:26.610420+00:00 shinyapps[2055422]:   107: drawReactive
2020-04-04T06:20:26.610421+00:00 shinyapps[2055422]:    94: origRenderFunc
2020-04-04T06:20:26.610421+00:00 shinyapps[2055422]:    93: output$timeplot
2020-04-04T06:20:26.610421+00:00 shinyapps[2055422]:    13: runApp
2020-04-04T06:20:26.610422+00:00 shinyapps[2055422]:     6: eval
2020-04-04T06:20:26.610422+00:00 shinyapps[2055422]:    12: fn
2020-04-04T06:20:26.610423+00:00 shinyapps[2055422]:     5: eval
2020-04-04T06:20:26.771701+00:00 shinyapps[2055422]: Disabling yearly seasonality. Run prophet with yearly.seasonality=TRUE to override this.
2020-04-04T06:20:26.610395+00:00 shinyapps[2055422]:   180: prophet
2020-04-04T06:20:26.610422+00:00 shinyapps[2055422]:     7: connect$retry
2020-04-04T06:20:26.772159+00:00 shinyapps[2055422]: Disabling daily seasonality. Run prophet with daily.seasonality=TRUE to override this.
2020-04-04T06:20:26.883191+00:00 shinyapps[2055422]: Compiling model (this will take a few minutes...)
2020-04-04T06:20:26.883501+00:00 shinyapps[2055422]: If this is the first time fitting a model since package install, this is normal. You should not see this message more than once after install.
2020-04-04T06:20:26.884052+00:00 shinyapps[2055422]: Writing model to: /opt/R/3.6.3/lib/R/library/prophet/libs
2020-04-04T06:20:26.884384+00:00 shinyapps[2055422]: Compiling using binary: /opt/R/3.6.3/lib/R/bin
2020-04-04T06:20:56.818503+00:00 shinyapps[2055422]: Warning in system(cmd, intern = !verbose) :
2020-04-04T06:20:56.818505+00:00 shinyapps[2055422]:   comando ejecutado '/opt/R/3.6.3/lib/R/bin/R CMD SHLIB file10a4e80f688.cpp 2> file10a4e80f688.cpp.err.txt' tiene estatus 1
2020-04-04T06:20:56.867650+00:00 shinyapps[2055422]: Warning: Error in sink: conexión inválida
2020-04-04T06:20:56.872694+00:00 shinyapps[2055422]:   115: sink
2020-04-04T06:20:56.872694+00:00 shinyapps[2055422]:   114: cxxfunctionplus
2020-04-04T06:20:56.872695+00:00 shinyapps[2055422]:   113: rstan::stan_model
2020-04-04T06:20:56.872695+00:00 shinyapps[2055422]:   112: compile_stan_model
2020-04-04T06:20:56.872695+00:00 shinyapps[2055422]:   111: fit.prophet
2020-04-04T06:20:56.872696+00:00 shinyapps[2055422]:   110: prophet
2020-04-04T06:20:56.872696+00:00 shinyapps[2055422]:   109: compute_data [/srv/connect/apps/COVID19-Mexico/app.R#221]
2020-04-04T06:20:56.872697+00:00 shinyapps[2055422]:   108: renderTable [/srv/connect/apps/COVID19-    Mexico/app.R#272]
2020-04-04T06:20:56.872707+00:00 shinyapps[2055422]:   107: fund
2020-04-04T06:20:56.872707+00:00 shinyapps[2055422]:    94: origRenderFunc
2020-04-04T06:20:56.872707+00:00 shinyapps[2055422]:    93: output$table
2020-04-04T06:20:56.872708+00:00 shinyapps[2055422]:    13: runApp
2020-04-04T06:20:56.872708+00:00 shinyapps[2055422]:    12: fn
2020-04-04T06:20:56.872709+00:00 shinyapps[2055422]:     7: connect$retry
2020-04-04T06:20:56.872709+00:00 shinyapps[2055422]:     6: eval
2020-04-04T06:20:56.872709+00:00 shinyapps[2055422]:     5: eval

Любой совет или другой способ опубликовать sh это приложение? Спасибо скачать скрипт

Blockquote

1 Ответ

0 голосов
/ 15 апреля 2020

Я решил проблему, изменив пакет с пророка на прогноз и построив график с помощью Plotly. Я думаю, что проблема была в dyplot.prophet, но с пакетами Plotly и Forecast проблема была решена. Я использовал сюжетный код из здесь

    ts_cases = ts(mex$y,ts(mex$y, start=min(mex$ds), end = max(mex$ds), frequency=1))

    fit <- auto.arima(ts_cases)
    f_arima<- forecast(fit, 20) # forecast

    # names
    f <- list(
      family = "Arial",
      size = 18,
      color = "#7f7f7f"
    )
    x <- list(
      title = "Tiempo en dias",
      titlefont = f
    )
    y <- list(
      title = "Numero de casos confirmados",
      titlefont = f
    )

    library(plotly)
    plot_ly() %>%
      add_lines(x = time(ts_cases), y = ts_cases,hoverinfo = "text",
                color = I("black"), name = "observed") %>%
      add_ribbons(x = time(f_arima$mean), ymin = f_arima$lower[, 2], ymax = f_arima$upper[, 2],
                  color = I("gray95"), name = "95% confidence") %>%
      add_ribbons(x = time(f_arima$mean), ymin = f_arima$lower[, 1], ymax = f_arima$upper[, 1],
                  color = I("gray80"), name = "80% confidence") %>%
      add_lines(x = time(f_arima$mean), y = f_arima$mean, color = I("blue"), name = "prediction")%>% layout(xaxis = x, yaxis = y,title= "ARIMA model")
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...