При использовании python -gitlab используйте:
import gitlab
gl = gitlab.Gitlab('http://your_gitlab_instance_url.com', private_token='token')
Упоминание URL-адреса частного экземпляра делает работу. Однако этот метод может завершиться ошибкой, если есть некоторые другие вторичные формы аутентификаторов безопасности.
При использовании pygithub используйте:
from github import Github
g = Github(base_url="https://{hostname}/api/v3", login_or_token="access_token")
Прекрасно работает с Rest API для github api v3