Ваш var cs
является локальной переменной. если вы хотите использовать его в другой функции, попробуйте инициализировать его в глобальной области видимости.
Кроме того, вы должны определить его в «px». означает добавить px
в конце, когда вы назначите его как css
var sc = $(window).scrollTop();
$(window).scroll(function (event) {
sc = $(window).scrollTop();
$("body main").css('top',sc + 'px');
});
$("header .nav-click").click(function(){
$("body main").css('top',sc + 'px');
});