Я полагаю, вы делаете различие между метаданными и содержанием файла, верно? Я полагаю, что это будет трудно сделать, так как метаданные являются частью файла. Один из возможных путей - изучить, как SharePoint генерирует заметки, которые он включает в историю версий. Вы можете использовать Reflector для просмотра сборок SharePoint, чтобы получить некоторые подсказки. Другой вариант - открыть оба файла на сервере с помощью COM Automation (например, если это были файлы слов) и сравнить метаданные таким образом.