Adobe AIR - это среда выполнения, которая расширяет возможности Adobe Flash Player, позволяя создавать настольные приложения.
Adobe Flex - это платформа для создания многофункциональных пользовательских интерфейсов. Приложения Flex поддерживаются как в Flash Player, так и в AIR.
Это не может быть вопросом одного или другого. Flex можно использовать вместе с AIR. Если вам нужно приложение для настольного компьютера, позволяющее использовать технологии Adobe Flash Platform, обязательно используйте AIR. Если вы хотите, чтобы в этом приложении AIR использовался набор встроенных элементов управления пользовательского интерфейса, используйте также Flex!
Вы можете общаться с PHP на вашем сервере как в Flash Player, так и в AIR. PHP не может быть запущен непосредственно в AIR. Если вы хотите, чтобы приложение было полностью автономным без сервера, вы не можете использовать PHP.