Где растр является объектом RasterLayer.
Мы находим ячейки, которые равны 3, используя raster[raster[]==3]
Затем мы заменяем его на вектор такой же длины, произвольно выбирая либо 3 или 6 с вероятностями 90% и 10% соответственно.
raster[raster[]==3] <- sample(c(3, 6),
size = length(raster[raster[]==3]),
replace = T,
prob = c(0.9, 0.1))