Попробуйте это
flist <- unzip("data.zip", list=TRUE)
Теперь flist $ Length указывает длину каждого файла, например,
keep <- flist$Length > 100 # or some other value that indicates the file has no data
Теперь вы можете читать непустые и сохранять их в списке. :
AllFiles <- lapply(flist$Name[keep], read.csv)