Я нашел решение проверить файл pdl_user.h и убедиться, что он имеет следующее:
#define PDL_PERIPHERAL_ENABLE_ADC12B PDL_ON
#define PDL_PERIPHERAL_ENABLE_SYSCTRL PDL_ON
#define PDL_PERIPHERAL_ENABLE_UART0 PDL_ON
#define PDL_PERIPHERAL_ENABLE_PORT PDL_ON