Возможная ошибка в bookdown при компиляции в PDF. Изображения обрезаются на полях

Question

Когда я собираю свои книги Bookdown для вывода в формате PDF, я получаю цифры, обрезанные по левому и правому краям. Этого не произойдет, если я сам сгенерирую их с помощью ggsave(), а затем добавлю с помощью knitter::include_graphics().

    ---
    output:
      pdf_document: default
      html_document: default
    ---

    # Example
    ```{r example, message=FALSE}
    require(tidyverse)
    ggplot(data=iris, aes(x=Sepal.Length, y=Sepal.Width))+geom_point()
    ```

Я выполняю `bookdown :: render (" index.Rmd ", output_format = pdf_book (keep_tex) = TRUE))

Я получаю это изображение как вывод (в main_files / figure-latex)

Это ошибка или это только я? Как я могу решить это? Мне не очень нравится идея ggsave() + knitr::include_image(), но это единственный обходной путь, который я получил до сих пор.

Дополнительная информация о моей системе

> xfun::session_info('bookdown')
R version 3.6.2 (2019-12-12)
Platform: x86_64-suse-linux-gnu (64-bit)
Running under: openSUSE Leap 15.1, RStudio 1.2.5019

Locale:
  LC_CTYPE=es_ES.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=es_ES.UTF-8       
  LC_COLLATE=es_ES.UTF-8     LC_MONETARY=es_ES.UTF-8    LC_MESSAGES=es_ES.UTF-8   
  LC_PAPER=es_ES.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
  LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=es_ES.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

Package version:
  base64enc_0.1.3 bookdown_0.17   digest_0.6.18   evaluate_0.14   glue_1.3.1     
  graphics_3.6.2  grDevices_3.6.2 highr_0.3       htmltools_0.4.0 jsonlite_1.6   
  knitr_1.28      magrittr_1.5    markdown_1.1    methods_3.6.2   mime_0.8       
  Rcpp_1.0.3      rlang_0.4.4     rmarkdown_2.1   stats_3.6.2     stringi_1.2.4  
  stringr_1.4.0   tinytex_0.18    tools_3.6.2     utils_3.6.2     xfun_0.8       
  yaml_2.2.0     

Answer 1

Если вы посмотрите на аргумент fig_crop на странице справки ?rmarkdown::pdf_document, вы увидите, что файлы рисунков будут обрезаны по умолчанию, если доступно pdfcrop. Вы можете отключить эту функцию с помощью:

output:
  pdf_document:
    fig_crop: false