Зависит от того, из чего состоит «двоичный пакет».
Если он состоит только из файлов .class и других машинно-независимых ресурсов, то да, один и тот же двоичный файл может использоваться в нескольких операционных системах и даже на разных аппаратных архитектурах.
Если он также включает нативные библиотеки и т. П., То эти библиотеки будут спецификацией аппаратной архитектуры операционной системы и c.
Если «пакет» вашего приложения представляет собой автономный файл JAR, то в JAR можно включить собственные библиотеки, скомпилированные для нескольких платформ; см. Как связать собственную библиотеку и библиотеку JNI внутри JAR?
Если пакет на самом деле является устанавливаемым пакетом, как это понимает менеджер пакетов хост-системы (например, Linux RPM, DEB) или собственный исполняемый файл установщика, то это также параметры платформы c.
Это также зависит от того, как вы обрабатываете спецификацию платформы c вещи в приложении; например, выполнение разных внешних команд на разных платформах, обращение к реестру Windows, LDAP против Active Directory, различные свойства и поведение файловой системы и т. д. c.