Я предлагаю добавить 1 проверку длины + изменить код, чтобы использовать для l oop.
1)
isEqual = (submarine.length == fighterJet.length);
Так что, если длина отличается, вы не go в l oop.
2)
for(int i = 0; isEqual && i < submarine.length; i++)
Этот l oop выйдет из l oop при неравном значении.
Новый код -
public boolean equals()
{
boolean isEqual = (submarine.length == fighterJet.length);
for(int i = 0 ; isEqual && i < submarine.length ; i ++){
if(!submarine[i].equals(fighterJet[i]))
{
isEqual = false;
}
}
return isEqual;
}