Зачем создавать его как окно? Вы можете просто создать его как элемент WindowsElement, например ...
WindowsElement parentWindow = session.FindElementByXPath("//Window[@Name=\"Sample Application\"]");
ПОТОМ, это позволит вам искать дополнительные элементы, изолированные для этого окна, например так:
WindowsElement someElement = parentWindow.FindElementByXPath("...");
В некоторых в случаях, когда это может привести к ошибке, связанной с приведением, вы можете решить это следующим образом ...
WindowsElement someElement = (WindowsElement)parentWindow.FindElementByXPath("...");
Я почти уверен, что это сработает в вашем случае.