Ошибка в логи конверсии c, а не в вашей индексации. Итоговая оценка:
Y[Y >= 0.75] = 3
Преобразует не только значения в диапазоне 0,75 - 1,00, но и предыдущие назначения для классов 1 и 2.
Вы можете изменить порядок назначений, начиная с класс 3.
Вы можете установить верхний предел для последнего класса, хотя у вас все еще есть проблема с 1,00 против класса 1.
Возможно, лучше всего было бы использовать регулярность ваших делений. , например:
Y = int(4*Y) # but you still have boundary problems.