Начиная с версии WSO2 IS 5.10.0, все менеджеры пользовательских хранилищ имеют уникальный идентификатор, включенный как часть имени менеджера хранилища пользователей (например, UniqueIDJDBCUserStoreManager). Менеджеры хранилищ пользователей, у которых нет уникального идентификатора как части имени менеджера хранилища пользователей, доступны только для целей обратной совместимости и могут использоваться только при переходе с предыдущей версии WSO2 Identity Server.
Проблема вы наблюдали, что происходит из-за использования новой схемы со старым JDBCUserStoremanager. Простое изменение класса менеджера хранилища пользователей на UniqueIDJDBCUserStoreManager решит проблему.
Если вы используете старый JDBCUserStoreManager, вам придется использовать старую схему для создания таблиц. Разница в том, что столбец UM_USER_ID присутствует в таблице UM_USER в новой SCHEMA.
[1] https://is.docs.wso2.com/en/5.10.0/setup/configuring-secondary-user-stores/