Лучший ответ на этот простой вопрос: «это зависит».
Существует множество API, которые вы можете использовать для доступа к базе данных. Почти все они будут использовать JDBC API в качестве средства связи с базой данных. Так что в теории ничто не может сравниться с необработанным JDBC низкого уровня (точно так же, как машинный код в теории всегда быстрее, чем языки программирования более высокого уровня).
Но так как вы также любите писать многократно используемый код, я предлагаю вам взглянуть на JPA . Это стандарт Java для сохранения объектов в реляционных базах данных. Его производительность довольно хорошая и очень портативная.
Поскольку JPA является лишь спецификацией, вы можете выбрать собственную реализацию: Hibernate , OpenJPA или любой совместимый сервер Java EE.