Нет, вы вообще ничего не теряете. XLTX во всех отношениях совпадает с XLSX - просто Excel создает новый экземпляр XLSX, если открываемый файл является XLTX. Это все. Если вы используете XLTX для заполнения данных и сохраняете XLSX, каждый новый экземпляр (XLSX) будет иметь эти данные при открытии результирующего XLSX.
Другой вопрос заключается в том, нужно ли вам вообще использовать XLTX, если вы выполняете заполнение данных из OOXML - я не вижу причин, по которым вам вообще нужно было бы использовать XLTX, пока ваш предварительно отформатированный XLSX сохраняется с другим именем файла, ваш XLSX должен быть в качестве шаблона. XLTX действительно предназначен для работы с клиентскими приложениями Excel - программные решения, такие как OOXML, не дают никаких преимуществ при использовании другого расширения файла (однако это не относится к VSTO, который также является операцией клиентского приложения Excel).