R сеанс прерывается, когда я использую assignTaxonomy - PullRequest
Новая
       7

R сеанс прерывается, когда я использую assignTaxonomy

0 голосов
/ 18 февраля 2020

У меня эта проблема уже больше недели, и у меня не хватает времени и терпения. Эта проблема возникает, когда я запускаю свой скрипт на Ma c и когда я запускаю его на P C (нет разницы результатов от большего объема оперативной памяти, он просто прерывается быстрее). Когда я пытаюсь запустить эту строку моего набора данных, сеанс прерывается. 

  set.seed(119)
  tax_PR2 <- assignTaxonomy(seqtab, 
                      "~/Desktop/Documents/Bruts/aeDNA_data_shared/pr2_version_4.11.1_dada2.fasta",
                      multithread=TRUE)

Кто-нибудь имеет представление о проблеме? Я проверил свой набор данных (seqtab в настоящее время рассматривается R как большая матрица из 3930724 элементов размером 20,2 Мб), я проверил пространство на моем компьютере, у меня есть все необходимые пакеты для запуска этой строки кода, и я пробовал разные источники базы данных генома для PR2 (PR2 версии 4.11.1 или 4.12.0 et c ...), и она всегда дает один и тот же результат.

Если у вас есть какие-либо идеи, я был бы признателен за них. Надеюсь, предоставленной мной информации достаточно.

Установлено пакетов: 

   library(BiocManager)
   library(Rcpp)
   library(dada2)
   library(ff)
   library(ggplot)
   library(gridExtra)
   library(phyloseq)
   library(vegan)

1 Ответ

1 голос
/ 19 февраля 2020

Это, вероятно, вызвано ошибкой, которая была введена в 1.14, см. Проблему Github здесь для получения дополнительной информации: https://github.com/benjjneb/dada2/issues/916

Мы только что определили причину, и Исправление должно быть в ближайшее время. Для немедленного использования обходным решением является отключение многопоточности или возврат к предыдущему выпуску 1.12.

...