Поскольку Circle является Shape и не имеет собственного размера контента, поэтому использует все предоставленное. Вы ограничили ширину, но не высоту, поэтому круг использовал всю высоту (синий прямоугольник - весь круг, но тонет только там, где нужно).
Так что, если вы хотите выровнять его, вы должны полностью ограничить его, как ниже
ZStack(alignment: .bottom) {
VStack{
Spacer()
Circle()
.frame(width: UIScreen.main.bounds.width/5, height: UIScreen.main.bounds.width/5)
}
}