Просто вычтите среднее значение каждой переменной из каждого значения. Для двухмерного случая:
plt.scatter(X[:, 0] - X[:, 0].mean(), X[:, 1] - X[:, 1].mean(), s=75)
plt.scatter(0, 0, c='r', s=75) # mean is now 0, 0
plt.xlim((-0.75, 0.75))
plt.ylim((-0.75, 0.75))
![img](https://i.stack.imgur.com/HSB5w.png)