Ознакомьтесь с документацией по Hibernate NHQL здесь .
Я полагаю из вашего кода, что вы после HQL-запроса возвращаете все задания, где job.ServiceID в списке идентификаторов.
Может быть, что-то в этом роде,
IQuery q = s.CreateQuery("from Job as j where j.ServiceId in (:serviceIds)");
q.SetParameterList("serviceIds", ids);
Кстати, вы слышали о проекте NHibernate Lambda Extensions ?
Ниже приведен пример запроса IN, выполненного с использованием упомянутой библиотеки. Может быть что-то интересное в качестве альтернативы использованию HQL.
DetachedCriteria after =
DetachedCriteria.For<Person>()
.Add(SqlExpression.In<Person>(p => p.Name,
new string[] { "name1", "name2", "name3" }));