Вы можете отфильтровать массив и посмотреть с помощью includes
.
var array = ["B,C,D", "W,F,G", "M,S,E"],
pattern = ['E'],
result = array.filter(s => pattern.includes(s.split(',')[2]));
console.log(result);
Если вам нужен только первый, возьмите find
.
var array = ["B,C,D", "W,F,G", "M,S,E"],
pattern = ['E'],
result = array.find(s => pattern.includes(s.split(',')[2]));
console.log(result);