Вам нужен еще один счетчик iter
для итераций, например,
iter <- 0
while (X < n) {
iter <- iter + 1
u = runif(1,0,1)
y = runif(1)
if (u < dbeta(y,2,2)/(M*dunif(y,0,1))) {
X = X+1
AR[X] = y
}
}
iter <- 0
repeat {
if (X==n) break
iter <- iter + 1
u = runif(1,0,1)
y = runif(1)
if (u < dbeta(y,2,2)/(M*dunif(y,0,1))) {
X = X+1
AR[X] = y
}
}