Вы не можете изменить это значение, не перекомпилировав SQLite.
Наличие большого количества столбцов, как правило, является плохой формой при проектировании реляционных баз данных. Предполагая, что наличие такого количества столбцов имеет смысл для ваших данных, вам следует рассмотреть возможность использования инструмента, отличного от SQLite, поскольку даже в документации, на которую вы ссылаетесь, упоминается, что в SQLite имеется множество алгоритмов, обеспечивающих квадратичную c производительность (O (N 2). ) для N столбцов).