Пользовательский PHP, под которым работает PHP, вероятно, не может получать квоты других пользователей - возможно, даже не свои, или, возможно, ему даже не разрешено выполнять внешние команды. В зависимости от настроек вашего сервера, вы можете изменить конфигурацию PHP (например, удалить safe_mode) и повысить права пользователя PHP, но я не знаю, разумно ли это делать. Если вы пользуетесь виртуальным хостингом, вам нужно будет поговорить со своим провайдером, можно ли что-либо сделать.
Эта запись в блоге описывает умный способ обойти ограничения PHP, собирая все квоты в текстовом файле во внешнем задании cron и анализируя этот файл с помощью PHP. Работает только в том случае, если у вас есть доступ к серверу, конечно, или вы можете создавать задания cron с более свободными правами, чем у пользователя PHP.