Этот файл всегда будет жить в репо, если вы опубликуете его как есть. Даже если вы создали ветку и git-rm'd файл, люди всегда смогут проверить версию, в которой еще был файл. Я не вижу способа использовать один репозиторий, сохраняя недоступность одного файла на удаленном компьютере.
Основная проблема заключается в том, что в качестве распределенного SCM каждый репозиторий имеет полную историю изменений. Поскольку списки изменений криптографически подписаны на основе их содержимого, невозможно стереть файл без изменения хэша каждого списка изменений вплоть до момента добавления файла. Это то, что может сделать git, но в этот момент у вас есть два отдельных репозитория, которые не смогут напрямую / легко пушить / тянуть.