Это будет зависеть от того, что вы на самом деле делаете. Самые базовые c GP должны быть похожими, просто GPflow полагается на тензорный поток для градиентов (если используется) и, возможно, некоторые технические различия реализации.
Для других более продвинутых моделей обе библиотеки предоставляют ссылки на соответствующие документы в документах. На мой взгляд, дизайн GPflow в основном основан на SVGP-фреймворке из [1] и [2] (и многих других расширений. Я действительно могу порекомендовать [2], если вы интересуетесь теорией). Но они все еще предоставляют некоторые другие реализации.
Я использую GPflow, так как он работает на GPU и предлагает много современных реализаций. Тем не менее, недостатком будет то, что он подвергается значительным изменениям.
Если вы хотите использовать классовые c GP и не слишком озабочены производительностью или очень современными методами, я бы сказал, GPy должно быть достаточно и более стабильный вариант.
[1] Хенсман, Джеймс, Александр Мэтьюз и Зубин Гахрамани. «Масштабируемая вариационная гауссовская классификация процессов». (2015).
[2] Мэтьюз, Александр Грем де Гарис. Масштабируемый логический процесс с использованием вариационных методов. Дисс. Кембриджский университет, 2017.