Запуск функции построения графиков временных рядов в Rmd, создающей загроможденные метки оси X (отсутствует в тестовом коде) - PullRequest
Новая
       29

Запуск функции построения графиков временных рядов в Rmd, создающей загроможденные метки оси X (отсутствует в тестовом коде)

0 голосов
/ 24 января 2020

У меня есть папка с временными сериями xx .csv, которую я хочу построить и связать в чистый документ HTML. У меня есть код ggplot, который создает график, который я хочу, используя один timeseries.csv. Однако, когда я пытаюсь поместить кости этого кода ggplot в функцию внутри a для l oop для запуска каждого из файлов timeseries.csv через функцию, я получаю несколько графиков с довольно различным форматированием.

График, сгенерированный с помощью моего тестового кода ggplot: Plot dreams

График, созданный с помощью функции и для l oop: Plot Fail

Изменения, которые я пытаюсь внести в уродливый сюжет Rmd:

  • Приятно размещать отметки по оси X в целых минутах (т. Е. "11:14:00", "11:15:00 ")
  • Соединить точки данных (решается с помощью подстановки geom_line() с geom_path())

Пример кода Rmd ниже. Пожалуйста, обратите внимание , что созданные графики все еще имеют хорошее форматирование, я не уверен, как воспроизвести эту проблему, вроде размещения 500-строчного фрейма данных. Я также не знаю, как опубликовать свой rmd-код без SO, используя команды форматирования в этом посте, поэтому я добавил 3 из " вокруг моего форматирования заголовка и в конце кода, чтобы отключить его.

Редактирование и обновление

  • Я получаю постоянную ошибку geom_path: Each group consists of only one observation. Do you need to adjust the group aesthetic?.
  • По предложению комментаторов я попытался удалить plot () и использовать непосредственно createChlDiffPlot () и замена plot () на print (). Оба производят те же самые уродливые графики, что и раньше.
  • Заменен geom_line () на geom_path (). Точки теперь связаны! Беспорядок на оси X все еще там.
  • Переменная времени читается как hms num

Большое спасибо за любую помощь в этом! 

```
---
title: "Chl Filtration"
output: 
  flexdashboard::flex_dashboard:
    theme: yeti
    orientation: rows
editor_options: 
  chunk_output_type: console
---

```{r setup}
library(flexdashboard)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(hms)
library(ggthemes)
library(readr)
library(data.table)

#### Example Data
df1 <- data.frame(Time = as_hms(c("11:22:33","11:22:34","11:22:35","11:22:38","11:23:00","11:23:01","11:23:02")),
                  Chl_ug_L_Up = c(0.2,0.1,0.25,-0.2,-0.3,-0.15,0.1),
                  Chl_ug_L_Down = c(0.5,0.4,0.3,0.2,0.1,0,-0.1))
df2 <- data.frame(Time = as_hms(c("08:02:33","08:02:34","08:02:35","08:02:40","08:02:42","08:02:43","08:02:49")),
                  Chl_ug_L_Up = c(-0.2,-0.1,-0.25,0.2,0.3,0.15,-0.1),
                  Chl_ug_L_Down = c(-0.1,0,0.1,0.2,0.3,0.4,0.1))

data_directory = "./" # data folder in R project folder in the real deal
output_directory = "./" # output graph directory in R project folder
write_csv(df1, file.path(data_directory, "SO_example_df1.csv"))
write_csv(df2, file.path(data_directory, "SO_example_df2.csv"))

#### Function to create graphs
createChlDiffPlot = function(aTimeSeriesFile, aFileName, aGraphOutputDirectory, aType)
{  
  aFile_Mod = aTimeSeriesFile %<>%
    select(Time, Chl_ug_L_Up, Chl_ug_L_Down) %>% 
    mutate(Chl_diff = Chl_ug_L_Up - Chl_ug_L_Down)

  one_plot = ggplot(data = aFile_Mod, aes(x = Time, y = Chl_diff)) + # tried adding 'group = 1' in aes to connect points 
    geom_path(size = 1, color = "green") + 
    geom_point(color = "green") +
    theme_gdocs() +
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
          legend.title = element_blank()) +
    labs(x = "", y = "Chl Difference", title = paste0(aFileName, " - ", "Filtration"))

  one_graph_name = paste0(gsub(".csv", "", aFileName), "_", aType, ".pdf")
  ggsave(one_graph_name, one_plot, dpi = 600, width = 7, height = 5, units = "in", device = "pdf", aGraphOutputDirectory)
  return(one_plot)

}
"``` ### remove the quotes when running example
Plots - After Velocity Adjustment
=====================================" ### remove quotes when running example

```{r, fig.width=13.5, fig.height=5}

all_files_Filtration = list.files(data_directory, pattern = ".csv")

# Loop to plot function
for(file in 1 : length(all_files_Filtration))
{

  file_name = all_files_Filtration[file]

  one_file = fread(file.path(data_directory, file_name))

  # plot the time series agains
  plot(createChlDiffPlot(one_file, file_name, output_directory, "Velocity_Paired"))

}
"``` #remove quotes when running example
```

1 Ответ

0 голосов
/ 11 февраля 2020

Я наконец понял это.

1) Замена geom_line() на geom_path() при подключении точек данных при визуализации в Rmd.

2) df1$Time был отформатирован как difftime объект. Когда я посмотрел на фрейм данных в глобальной среде, Time : hms num 11:11:09 .... Это заставило меня думать, что мой формат был в порядке, но когда я запустил class(df1$Time), я получил [1] "hms" "difftime". С помощью быстрого Google я обнаружил, что difftime объекты не совсем такие же, как hms, и мое исходное время было сгенерировано вычитанием времени. Я добавил преобразование в свою функцию mutate: 

    select(Time, Chl_ug_L_Up, Chl_ug_L_Down) %>% 
    mutate(Chl_diff = Chl_ug_L_Up - Chl_ug_L_Down,
           Time = as_hms(Time)) # convert difftime objecct to hms

ggplot. Я думаю, что есть автоматическое форматирование для переменных hms, именно поэтому переменная difftime создавала ужасно переполненные x-оси.

...