Если вы используете современную версию JDB C, вы можете использовать:
LocalTime time = rs.getObject("DURATION", LocalTime.class);
long millis = time.toSecondOfDay() * 1000 + time.get(MILLI_OF_SECOND);
По поводу подсчета миллисекунд, к сожалению, нет способа получить миллисекунды дня, для этого Я использовал этот способ.
Или как предложено @ Andreas :
long millis = time.toNanoOfDay() / 1000000