Я хотел бы периодически выполнять процедуру, как это сделать в MySQL?
Если у вас MySQL 5.1, вы можете использовать события.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/events.html
MySQL позволяет это с помощью планировщика событий: http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/events.html