Попробуйте использовать getpts, который не создает перекрестие; с помощью getpts вы также можете указать оси, из которых вы хотите выбрать пользователя, как в
[x,y] = getpts(ax);
Единственная проблема с getpts - нет способа ограничить его ровно двумя точками. Но у него есть приятная особенность: пользователь может отменить выбор точек, нажав клавишу DELETE, и подтвердить точки, нажав клавишу ВВОД.
Если внимательно изучить документацию ginput, описанное вами поведение предназначено и, по-видимому, неизбежно
от
doc ginput
Нажатие на оси делает эти оси текущими осями. Даже если вы задаете текущие оси до вызова ginput, любая ось, по которой вы щелкаете, становится текущей осью, а ginput возвращает точки относительно этих осей. Если вы выбираете точки из нескольких осей, возвращаемые результаты относятся к системе координат осей, из которых они получены.