Это не будет работать так, ваш app.py работает на сервере, поэтому, хотя он может получить доступ к файлу js, он должен быть на пути к показанному. Я бы посоветовал вам принести код js в файл. html в тегах, а затем вернуть render_template для этого @ app.route ('/'). Это должно отобразить страницу html каждый раз, когда вы посещаете 127.0.0.1:5000/ и последовательно запускаете JavaScript.