<script> if (<? echo $temp =="xxxxx" ?>){ //the problem is in the if clause console.log("yyy"); } <script>
говорит, что неожиданный токен ")" в консоли
Вы смешиваете php и javascript. Я думаю, вы хотите сделать сравнение на стороне клиента. Попробуйте этот код:
<script> var tmp = "<? echo $temp ?>"; if (tmp =="xxxxx" ) { console.log("yyy"); } <script>