Есть ли у Fancybox какой-то обратный вызов? Причина, по которой я спрашиваю, заключается в том, что лайтбокс, вероятно, сбрасывает прокрутку обратно в ту же позицию, в которой он оставлен, поэтому вам нужно каким-то образом вызвать scrollTo после того, как лайтбокс будет полностью закрыт.
Кроме того, почему бы не использовать scrollTop вместо scrollTo (который, как я предполагаю, является плагином jQuery scrollTo).
Эта ссылка внутри лайтбокса? Когда именно вы звоните scrollTo? У вас есть код, чтобы показать, что вы делаете?
Метрополис
EDIT
Попробуйте это
$("#element").fancybox({
onComplete: function() {
$(document).scrollTop(0);
}
});